Der Darm bietet Lebensraum für eine enorme Zahl an Mikroorganismen, und ist das am dichtesten besiedelte mikrobielle Ökosystem, das die Natur zu bieten hat. Die Gesamtheit dieser komplexen Mikrobiota, einschließlich deren Gene, wird auch als intestinales Mikrobiom bezeichnet. Die Etablierung neuer Technologien im Bereich der Hochdurchsatzsequenzierung hat die Erforschung dieses Lebensraumes revolutioniert. Je größer allerdings die Fortschritte in der Beschreibung des Mikrobioms von gesunden und erkrankten Bevölkerungsgruppen sind, umso deutlicher wird der Mangel an kausaler Information zur Wirkung des mikrobiellen Ökosystems auf die Gesunderhaltung des Menschen. Zahlreiche Studien verdeutlichen den enormen Einfluss von Lebensraum, Alter, Ernährung oder Erkrankungszustand (Adipositas, Typ 2 Diabetes, Chronisch Entzündliche Darmerkrankungen, Infektionen usw.) auf die Vielfalt und Zusammensetzung des mikrobiellen Milieus im Darm. Kausale Zusammenhänge zur Mikroben-Wirt-Interaktion sind aber weitestgehend unklar. Mit Blick auf die Charakterisierung von Mechanismen zur wechselseitigen Beeinflussung von Mikroben und Wirt, sind Modellsysteme von großer Bedeutung. Die Kolonisierung keimfreier (steriler) Tiere, u.a. auch mit Relevanz für Krankheitsprozesse, mit definierten Mikroorganismen, ist ein wertvolles Hilfsmittel, die Mikroben-Wirt-Interaktionen zu studieren.