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In silico Analyse der Synthese eines Bioplastiks in Pseudomonas putida (BA/MA)

29.09.2021, Diplomarbeiten, Bachelor- und Masterarbeiten

In unserem Labor wurde kürzlich eine Co-Kultur aus einem Cyanobakterium und einem Bodenbakterium erstellt. Das Bodenbakterium, Pseudomonas putida, kann als sogenannte Chassis bezeichnet werden, dies bedeutet, dass es geeignet ist verschiedenen biotechnologisch interessante Produkte herzustellen, wie zum Beispiel medium chain lengh Polyhydroxyalkanoate (mclPHA, Bioplastik). Das Heteropolymer besteht aus verschiedenen langkettigen chiralen (R)-3-Hydroxyfettsäuren, die teilweise als Vorläufer für Medikamente oder als sogenannte „Building Blocks“ verwendet werden können. Durch die Überexpression der PHA-Depolymerase (PhaZ) können die verschiedenen Monomere hergestellt werden. In Vorversuchen wurde ersichtlich, dass während der Überexpression, die Produktion und Sekretion der Monomeren stark von der verwendeten Kohlenstoffquelle abhängt. Aus diesem Grund soll die Flussverteilung und Monomer-Zusammensetzung mit einem Modell simuliert werden.

Aufgaben & Methoden

  • Untersuchung des metabolischen Netzwerks unter den Bedingungen der PhaZ-Überexpression mit verschiedenen Kohlenstoffquellen
  • Implementierung und Erweiterung eines genomes scale models (z.B. iJN1462) mit Hilfe der Matlab® toolbox COBRA
  • Analyse des Models mit Flux balance analysis (FBA)
  • Formulierung und Auswertung eines Optimierungsproblems

Spezifizierungen

  • Bachelorarbeit oder Masterarbeit
  • Für alle Studierende mit Interesse 

Bevorzugtes Anfangsdatum: 01.01.2022 (Früherer/Späterer Starttermin ebenfalls möglich!)

Graphische Darstellung des PHA-Pathways in Pseudomonas putida

Kontakt: franzi.kratzl@tum.de

More Information

https://www.mw.tum.de/sbt/forschung/coconut/

PHA_synthesis Graphische Darstellung des PHA-Pathways in Pseudomonas putida, (Type: image/png, Size: 70.9 kB) Save attachment

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