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Genom des Stickstoffproduzenten Anammox aufgeklärt

12.04.2006, Press releases

Einem europäischen Forscherkonsortium ist es gelungen, das Erbgut des Bakteriums Anammox aufzuklären. Die Mikrobe ist einer der wichtigsten Stickstofflieferanten in der Atmosphäre. Das überraschend große Genom des Einzellers wurde von den Wissenschaftlern in der aktuellen Ausgabe von „Nature“ veröffentlicht („Deciphering the evolution and metabolism of an anammox bacterium from a community genome“, Nature 6 April 2006, Volume 440, Number 7085 pp).

Bioinformatiker des Lehrstuhls für Genomorientierte Bioinformatik der Technischen Universität München und des GSF – Forschungszentrums für Umwelt und Gesundheit, Neuherberg, waren für Verarbeitung, Management und Interpretation der Daten als Teil eines internationalen Konsortiums verantwortlich. Für das Projekt mussten 260 Millionen Nukleotide sequenziert werden. Um die rund 5.000 Gene aus den großen Datenmengen auslesen und identifizieren zu können, entwickelte das GSF-Institut für Bioinformatik eine spezielle Software. Die Analyse der Genfunktionen erfolgte in Neuherberg und am Wissenschaftszentrum Weihenstephan der TU München.

Das Bakterium Anammox wurde erst vor rund zehn Jahren entdeckt. Sein Name ist gleichzeitig Programm und steht für Anaerobe Ammonium Oxidation: Der Einzeller baut in sauerstoffarmen Umgebungen Ammonium und Nitrit zu gasförmigem Stickstoff ab. Anammox-Bakterien sind für mehr als die Hälfte des Abbaus nährstoffreicher Stickstoffverbindungen in den Ozeanen und die Freisetzung als Stickstoffgas in die Atmosphäre verantwortlich. Anammox ist nicht kultivierbar, daher musste die Sequenz aus einer Mischung verschiedener Genome rekonstruiert werden.

Kontakt:
Technische Universität München
Lehrstuhl für Genomorientierte Bioinformatik
Dr. Thomas Rattei
Am Forum 1
85354 Freising
Tel: 08161/71 2132
Fax: 08161/71 2186
e-Mail: Dr. Thomas Rattei

Kontakt: t.rattei@wzw.tum.de

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